Questions fréquentes
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J'ai une question concernant l'utilisation de la plate-forme, à qui puis-je la poser ?
Pour toute question purement technique vous pouvez contacter calculco [at] univ-littoral [dot] fr. S'il s'agit d'une question concernant l'utilisation ou le développement sur la plate-forme, utilisez prioritairement la liste de diffusion calculco-users [at] liste [dot] univ-littoral [dot] fr (vous devez y être inscrits), l'équipe technique ou même un autre utilisateur pourra vous répondre. -
Je n'arrive plus à me connecter sur calculco : Connection timed out
Vous avez certainement été banni après x tentatives de connexion. Contacter nous afin que nous retirions le bannissement de votre adresse IP (cf note ci dessous)
Et si vous vous créiez des clefs ssh ![note] transmettre mon adresse IP?: celles qui commencent par 192.168.x.x ou 10.x.x.x ou encore dans l'intervalle 172.16.x.x / 172.31.x.x ne nous intéressent pas: vous êtes sur un réseau privé et masquée derrière un routeur. Votre «vraie» adresse IP, publique, bannie, peut être obtenu par ex. en visitant le site http://ip4.me/
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Mon script batch ne s'exécute pas
Il faut au moins qu'il soit executable et ajouter à minima ce droit pour vous :chmod u+x monscript.
Si vous avez écrit votre script depuis votre poste client sous windows, il se peut qu'il ne s'exécute par sur la plate-forme, certains caractères sont mal interprétés. Vous pouvez passer la commande dos2unix sur votre script sur le frontal. Sinon écrivez directement vos scripts sur calculco avec par exemple les éditeurs nano, emacs, vim ... ou utiliser notepad sur votre poste windows (https://notepad-plus-plus.org/ )
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Quel espace utiliser pour mes simulations ?
5 espaces vous sont actuellement accessibles :- /nfs/home/labo/user (HOMEDIR avec quota nfs)
- /scratch/labo/user (local à chaque nœud de calcul, SAS rapide ou SSD)
- /nfs/data/unprotected/labo/user (gros espace mutualisé labo sans quota pour vos données volumineuses)
- /nfs/data/protected/labo/user (espace plus petit labo pour les sauvegardes importantes, à ne pas utiliser pour les simulations)
- /workdir/labo/user (espace distribué BeeGFS, commun à tous les noeuds)
L'espace /nfs/data/protected/labo/user ne doit pas être utilisé pour lancer vos simulations. Il doit être utilisé uniquement pour sauvegarder ce que vous ne voulez absolument pas perdre (hormis vos sources dans votre répertoire HOMEDIR qui sont déjà sauvegardés).
- Des données vitales
- Des résultats précieux
- Des documents de Recherche ...
Voici comment vous devriez travailler :
1. Petites simulations (pas trop longues) sur un seul nœud de calcul qui ne nécessitent pas d'I/O intensifs :
répertoires de travail TOUS : /nfs/home/labo/user - /scratch/labo/user - /workdir/labo/user - /nfs/data/unprotected/labo/user
2. Longues simulations sur un seul noeud de calcul qui ne nécessitent pas d'I/O intensifs :
répertoires de travail TOUS aussi mais attention si le service nfs présente des problèmes ou est surchargé ou qu'il y a un problème sur le réseau interne de la plateforme dans ce temps long il se peut que les lectures/écritures plantent (attention donc pour les répertoires qui commencent par /nfs tout de même).
3. Simulations qui nécessitent des I/O intensifs sur un seul noeud de calcul :
répertoire à privilégier : /workdir/labo/user ou /scratch/labo/user
4. Simulations qui nécessitent plusieurs noeuds de calcul pour une même simulation (pas les tableaux de jobs indépendants qui tiennent sur un seul noeud) :
répertoire à utiliser : /workdir/labo/user (utilisation de passage de messages mpi entre les noeuds).
Pour les répertoires /scratch ou /workir, dans vos scripts, il vous faut :avant votre simulation copier vos programmes (et données utiles) dans l'espace de travail.charger des modules ou des environnements de travail - si nécessaire
recompiler vos programmes - si nécessaire.lancer la simulation.faire le ménage à la fin de la simulation et sauvegarder ce qui vous semble opportun dans /nfs/home ou /nfs/data/unprotected ou /nfs/data/protected - si nécessaire (attention il y a des purges régulières de ces espaces qui visent les fichiers qui y resteraient trop longtemps).
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