Comsol

 

Seuls deux jetons Comsol ont été achetés : par le  LPCA  (comsol v. 5.4, seul) et dans un deuxième temps,  l'UDSMM  (comsol v 6.1 et quelques modules) . Ils sont réservés aux membres de ces laboratoires et sont  utilisables depuis les postes clients (via le serveur de jetons) ou directement depuis la plate-forme de calcul.
Les travaux de développement et premiers tests sont à privilégier sur vos postes clients avant de procéder à la migration de vos codes sur la plate-forme et d'y lancer vos traitements.

Sommaire[Masquer]

1. Installation de Comsol

Les membres du LPCA et de l'UDSMM peuvent installer Comsol sur leur poste de travail . Il vous suffit de récupérer l'image du DVD ad hoc ainsi que  les instructions d'installation dans la zone de Téléchargement du Pôle de Calcul (avec vos identifiants calculco). Des contrôles ont été mis en place et seuls les membres des deux entités autorisées peuvent y accéder. 

2. Usage 

Il n'y a pas de sessions graphiques sur le frontal, le modèle (maillage, matériaux, physique etc.) est défini sur le poste de travail personnel; le fichier projet.mph est transféré sur la plateforme pour calcul.   

2.1. mode interactif

Ce mode est bien entendu à éviter (bloque des ressources matérielles), mais peut être utile pour effectuer rapidement quelques tests simples.

  • Lancer une session interactive sur un des nœuds, par exemple en réservant 8 cœurs sur un seul cpu
(calculco) oarsub -I /nodes=1/cpu=1/core=8
  • charger le module COMSOL:
(orval??) ml comsol
  • lancer comsol en mode batch ( comsol batch -help pour visualiser toutes les options) :
(orval??) comsol batch -inputfile test.mph -outputfile test-out.mph -np 8
  • récupérer le fichier test-out.mph pour visualiser les résultats sur le poste laboratoire.

jeton disponible (pratique?): 

Le chargement du module comsol entraine la création d'une commande/alias, lmstatcomsol , accessible depuis calculco  pour déterminer la disponibilité du jetons...ou pas, comme dans l'exemple suivant: 
 
(calculco)# lmstatcomsol
lmstat - Copyright (c) 1989-2017 Flexera Software LLC. All Rights Reserved.
Flexible License Manager status on Fri 5/3/2019 14:51
...
Users of COMSOL: (Total of 1 license issued; Total of 1 license in use)

"COMSOL" v5.4, vendor: LMCOMSOL, expiry: permanent(no expiration date)

nom_personne nom_PC /dev/pts/7 (v5.4) (jetons-cs/1718 103), start Fri 5/3 11:50
...

 

2.2. mode passif

comsol tuto1C'est l'usage recommandé. Voici un exemple de script OAR  associé à un projet de la librairie standard de COMSOL. À noter que COMSOL suit l'avancé des calculs en permanence (il y a donc un système de checkpoint «intégré»). Il est donc possible de relancer un calcul de projet s'il est arrêté. Le script OAR de ce premier exemple tire profit de cette propriété. 

 (calculco) oarsub -S ./launch_comsol1.oar

fichiers source:  

3. Usage avancé...in progress(!)

La propriété présentée ci-dessus est intéressante mais laisse présager, pour des projets plus «conséquents», des problèmes d'entrées/sorties importantes sur le compte utilisateur (ce qui est a priori contre-performant car dossier partagé par NFS) . Cette partie doit être complétée avec des exemples de scripts ( à faire! ):

  • mettant en oeuvre le déplacement de toutes les écritures (calculs, recovery & tmpdir ) sur un système de fichiers mieux adapté (que celui du répertoire personnel)
  • mettant en oeuvre un calcul sur plusieurs nœuds (cf. https://www.comsol.com/support/knowledgebase/1001/)

 

Bon calculs!